за-про-то-ко-ли-ро-вать
Глагол, совершенный вид, переходный, тип спряжения по классификации А. Зализняка - 2a.
Приставка: за-; корень: -протокол-; интерфикс: -ир-; суффикс: -ова; глагольное окончание: -ть [Тихонов, 1996].
внести в протокол
Источник: ru.wiktionary.orgprotocol