Аббревиатура, имя собственное. Используется в качестве существительного мужского рода единственного числа, обычно склоняется.
название нефтяной компании, существовавшей в России с 1993 по 2007 год
Источник: ru.wiktionary.orgУ меня были четыре бизнеса, которые вышли за миллиард, ЮКОС был четвертым. Михаил Борисович Ходорковский
ЮКОСу были предъявлены новые налоговые претензии. Источник: Интернет
А вот корни этого убийства идут в ЮКОС, наверх. Источник: Интернет
Агентство Интерфакс, сославшись на информированный источник в спецслужбах, сообщило вчера, что 24 декабря в США был временно задержан прилетевший туда бывший совладелец НК «ЮКОС» Леонид Невзлин. Источник: Интернет
Арест Лебедева был воспринят как атака на ЮКОС и его главу Михаила Ходорковского Вчерашний арест Платона Лебедева был однозначно воспринят как атака на ЮКОС и его главу Михаила Ходорковского. Источник: Интернет
В 2000-х годах краевые СМИ выражались более определённо (не утруждаясь, впрочем, поиском убедительных аргументов): «прочно утвердилось мнение, что Б. Н. Золотарев представляет нефтяную компанию ЮКОС», - писала одна из старейших газет региона. Источник: Интернет
Yukos